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鉆孔是某些動物為了覓食、附著和藏身而打的洞。鉆孔經(jīng)常出現(xiàn)在化石化的貝殼、木頭和其它生物體的化石之上。鉆孔也是一種化石。象鉆孔蝸牛這種食內(nèi)動物就能穿過其它動物的殼來鉆孔以吃食其軟體部分。許多古代軟體動物的殼上可見到象是鉆孔蝸牛打的整齊的洞。
化石對于追溯動植物的發(fā)展演化是有用的，因為在較老的巖石中的化石通常是原始的和較簡單的，而在年代較新的巖石中的類似種屬的化石就要復雜和高級。
某些化石作為環(huán)境的指示物是很有價值的。例如造礁珊瑚似乎總是生活在與今天相似的條件下。因此，如果地質(zhì)學家找到了珊瑚礁化石——珊瑚最初被埋藏的地方，就可以有理由地認為，這些含有珊瑚的巖石形成于溫暖的相當淺的海中。這就使得勾畫出史前時期海的位置及范圍成為可能。珊瑚礁化石的存在還可指示出古代水體的深度、溫度、底部條件和含鹽度。
化石的一個更重要的用途是用來進行對比——確定若干巖層間彼此相互關系的密切的程度。通過對比或比較各巖層所含的特征化石，地質(zhì)學家可以確定一個特定區(qū)域的某種地質(zhì)建造的分布。有的化石在地質(zhì)歷史上生存的時間相當短，然而在地理分布上卻相當廣泛。這種化石被稱為指示化石。由于這種化石通常只是和某一特定時代的巖石共生，所以在對比中特別有用。
微體生物的化石對于石油地質(zhì)工作者作為指示化石特別有用。微體古生物學家（研究微體古生物的學者）通過對從鉆孔中取得的巖心進行沖洗、將微小的化石分離出來，然后在顯微鏡下進行研究。通過對這些細小的古生物遺體的研究所獲得的資料對于判斷地下巖層的年代和儲油的可能性是非常有價值的。微體古生物化石對于世界油田之重要可從某些儲油地層用某些關鍵的有孔蟲的屬來命名這一點見其一斑。其它微體古生物化石，例如：介形蟲、孢子和花粉，也被用來確定世界其它許多地區(qū)的地下巖層。
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