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在許多地方，植物、魚(yú)和無(wú)脊椎動(dòng)物就是以這種方式保存下它們的化石。
有些碳的薄膜精確地記錄了這些生物的最精細(xì)的結(jié)構(gòu)。
化石還可以通過(guò)礦化作用和石化作用而保存下來(lái)。當(dāng)含礦化的地下水把礦物沉淀于生物體的堅(jiān)硬部分所在的空間時(shí)，使得生物的堅(jiān)硬部分變得更堅(jiān)硬、抵抗風(fēng)化作用的能力更強(qiáng)。較普通的礦物有方解石、二氧化硅和各種鐵的化合物。所謂置換作用或礦化作用是生物體的堅(jiān)硬部分被地下水溶解，與此同時(shí)其它物質(zhì)在所空出來(lái)的位置上沉淀下來(lái)的過(guò)程。有些置換形成的化石的原始結(jié)構(gòu)被置換的礦物所破壞。
不僅動(dòng)植物的遺體能形成化石，而且表明它們?cè)?jīng)存在過(guò)的證據(jù)或蹤跡也都能形成化石。痕跡化石能提供有關(guān)該生物特點(diǎn)的相當(dāng)多的情況。很多殼、骨、葉以及生物的其它部分，都能以陽(yáng)模和陰模的形式保存下來(lái)。如果一個(gè)貝殼在沉積物硬化成巖之前就被壓入海底，它的外表特征就會(huì)留下壓�。幠＃�。如果陰模后來(lái)又被另外一種物質(zhì)充填，就形成陽(yáng)模。陽(yáng)模能顯示出貝殼本來(lái)的外部特征。外部陰模顯示的是生物體硬部分的外部特征，內(nèi)部陰模顯示的是生物體堅(jiān)硬部分的內(nèi)部特征。
一些動(dòng)物以痕、印、足跡、孔、穴的形式留下了它們?cè)?jīng)存在的證據(jù)。
其中如足跡，不僅能表明動(dòng)物的類型，而且提供了有關(guān)環(huán)境的資料�？铸埖淖阚E化石不僅揭示了它的足的大小和形狀，還提供了有關(guān)它的長(zhǎng)度和重量的線索，留有足跡的巖石還能幫助確定恐龍生存的環(huán)境條件。世界上最著名的恐龍足跡化石發(fā)現(xiàn)于得克薩斯州索美維爾縣羅斯鎮(zhèn)附近的帕盧西河床中的晚白堊紀(jì)石灰?guī)r中，年代大約在1.1 億年前。留有恐龍足跡的大的石灰?guī)r板被運(yùn)到全世界的博物館中，成為這種巨大爬行動(dòng)物的啞證據(jù)。無(wú)脊椎動(dòng)物也能留下蹤痕。在許多砂巖和石灰?guī)r沉積層的表面可以看到它們的蹤跡。無(wú)脊椎動(dòng)物的蹤痕既有簡(jiǎn)單的蹤跡，也有蟹及其它爬蟲(chóng)的洞穴。
這些蹤痕提供了有關(guān)這些生物的活動(dòng)方式和生活環(huán)境的證據(jù)。洞穴是動(dòng)物為著藏身覓食而在地上、木頭上、石頭上以及其它能打洞的物質(zhì)上打出的管狀或圓洞狀的孔穴，后來(lái)若被細(xì)物質(zhì)充填，就可能得以保存下來(lái)。打出該洞穴的動(dòng)物的遺體偶爾也能在充滿洞中的沉積物中找到。在松軟的海底，蠕蟲(chóng)、節(jié)肢動(dòng)物、軟體動(dòng)物以及其它動(dòng)物都可留洞穴。某些軟體動(dòng)物，如鑿船蟲(chóng)——一種鉆木的蛤、石蜊（Litho- domus）——一種鉆石的蛤，它們的洞穴化石和鉆孔化石也常常能被發(fā)現(xiàn)。在人們所知的最古老的化石之中，有管狀構(gòu)造，據(jù)認(rèn)為這種管狀構(gòu)造是蠕蟲(chóng)的洞穴。在許多最古老的砂巖中，就有這種管狀構(gòu)造。
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