原生動(dòng)物是單細(xì)胞動(dòng)物，從原則上講，在億萬(wàn)年的發(fā)展過(guò)程中，首先是由無(wú)機(jī)物發(fā)展到簡(jiǎn)單的有機(jī)物由簡(jiǎn)單的有機(jī)物發(fā)展到復(fù)雜的有機(jī)物，發(fā)展成像蛋白質(zhì)、核酸等那樣復(fù)雜的大分子，發(fā)展出具有新陳代謝機(jī)能、但還無(wú)細(xì)胞結(jié)構(gòu)的原始生命。這是最初的生活物質(zhì)、生命形態(tài)。以后又經(jīng)過(guò)漫長(zhǎng)的年代，才由非細(xì)胞形態(tài)的生活物質(zhì)發(fā)展成為有細(xì)胞結(jié)構(gòu)的原始生物。由原始生物近代發(fā)展分化出原始的動(dòng)物和植物。進(jìn)而發(fā)展成現(xiàn)代的形形色色的原生動(dòng)物。
在原生動(dòng)物這四綱中哪一類(lèi)是最原始的：過(guò)去有些人認(rèn)為肉足綱變形蟲(chóng)這一類(lèi)動(dòng)物是最原始的。因?yàn)槠浣Y(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，可是它是吞噬性營(yíng)養(yǎng)，它需要吃其他原生動(dòng)物或植物等，所以它不會(huì)是最早出現(xiàn)的。纖毛綱結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，且為吞噬性營(yíng)養(yǎng)，也不可能是最早出現(xiàn)的。孢子綱的動(dòng)物全是寄生的，寄生的種類(lèi)是由獨(dú)立生活的種類(lèi)發(fā)展而來(lái)的，因此也不可能是最早出現(xiàn)的。只有鞭毛綱具有3種營(yíng)養(yǎng)方式，因此一般認(rèn)為鞭毛細(xì)是原生動(dòng)物中最原始的一綱。
在鞭毛綱中到底是哪一類(lèi)最早出現(xiàn)的這個(gè)問(wèn)題還有爭(zhēng)論。過(guò)去有些人認(rèn)為最目出現(xiàn)的是有色鞭毛蟲(chóng)。因?yàn)樗梢宰约褐圃焓澄铮驗(yàn)樯伢w結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，不可能想象最早出現(xiàn)存如此復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。所以又有些人認(rèn)為最早出現(xiàn)的不是有色鞭毛蟲(chóng)，而是無(wú)色滲透性營(yíng)養(yǎng)的鞭毛蟲(chóng)，因?yàn)闊o(wú)色滲透性營(yíng)養(yǎng)的鞭毛蟲(chóng)一般構(gòu)造比較簡(jiǎn)單，這種說(shuō)法看來(lái)可以被接受。因?yàn)槲镔|(zhì)的發(fā)展是由簡(jiǎn)單到復(fù)雜，而在單細(xì)胞動(dòng)物出現(xiàn)以前，已經(jīng)存在著有機(jī)物的條件，當(dāng)然并不是說(shuō)由現(xiàn)在的無(wú)色鞭毛蟲(chóng)發(fā)展來(lái)的，而可能是有些類(lèi)似現(xiàn)在的無(wú)色鞭毛蟲(chóng),假定把它叫做原始鞭毛蟲(chóng)。由原始鞭毛蟲(chóng)經(jīng)過(guò)漫長(zhǎng)的歲月，形成現(xiàn)在的形形色色的鞭毛蟲(chóng)�，F(xiàn)在有人認(rèn)為領(lǐng)鞭毛蟲(chóng)是最原始的，它是所有多細(xì)胞動(dòng)物的祖先。
肉足綱也是從原始鞭毛蟲(chóng)發(fā)展來(lái)的，因?yàn)楹芏嗳庾阆x(chóng)如有孔蟲(chóng)，其配子具鞭毛，根據(jù)生物發(fā)生津，說(shuō)明其祖先是具鞭毛的。又某些種類(lèi)如變形鞭毛蟲(chóng)具鞭毛和偽足,這可說(shuō)明鞭毛蟲(chóng)與肉足蟲(chóng)親緣關(guān)系密切。纖毛蟲(chóng)可能是從原始鞭毛蟲(chóng)發(fā)展成鞭毛蟲(chóng)的過(guò)程中，又分出一支形成的，因?yàn)槔w毛與鞭毛的結(jié)構(gòu)是一致的說(shuō)明這二綱的關(guān)系較近。孢子綱因全為寄生的，追溯其來(lái)源較困難。大致可看出有兩個(gè)來(lái)源如瘧原蟲(chóng)、球蟲(chóng)，其配子都具鞭毛，可能來(lái)源于鞭毛綱，而粘孢子蟲(chóng)，其營(yíng)養(yǎng)體全為變形體，可能來(lái)源于肉足綱。
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