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3.細胞核：根據染色質的構造可把細胞核分為泡狀核和致密核兩類。泡狀核常見于肉足蟲和鞭毛蟲，致密核常見于纖毛蟲的大核中。在鞭毛蟲、肉足蟲、孢子蟲中，有的種類有很多細胞核，但都是同型核。許多原生動物在營養(yǎng)期間，細胞核的染色體是多倍體，有些則為二倍體或單倍體。纖毛蟲有大、小核之分，小核是二倍體，大核是高度多倍體。大核的大小、形狀、數量變化很大，在形狀上也各不相同差異很大。大、小核內均含脫氧核糖核酸(DNA)。 一般地說小核控制細胞的遺傳，大核控制細胞的營養(yǎng)，但這不是絕對的。已知大核在遺傳上能控制表型，說明大核中也有某些控制遺傳的因子。只有大核而沒有小核的品系雖然能分裂和生存，但最后還是會老化。在接合生殖過程中,大核退化,由小核產生新的大核，這說明大核雖有自主性，但仍要依賴小核。纖毛蟲的核二型性在整個生物界是獨特的。鞭毛蟲的細胞核與毛基體系統有密切關系。鞭毛的基體有根絲體聯系到核上。基體與核在數量上有一定比例。在低等的鞭毛蟲中一般為2∶1，即2個基體，1個細胞核。隨著進化而擴大比例，在超鞭毛目中已是100～1000∶1了。
4.色素體及其附屬胞器：大部分植物性鞭毛蟲具有與光合作用有關的色素體和紅色的眼點。眼點由 1至多個紅色小球構成，對光十分敏感，能引導鞭毛蟲游向陽光處。色素體有4類：葉綠素、胡蘿卜素、葉黃素和藻膽素。由于所含色素體的組成和分量不同，植物性鞭毛蟲在顏色上差異很大，有綠、黃、藍等。有色鞭毛蟲如長期處在黑暗而有機質豐富的環(huán)境中，色素體和眼點都退色，不再進行光合作用，它們用身體表面的滲透功能吸收營養(yǎng)或直接通過胞口吞入食物（如眼蟲）。
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