一般認為原生動物的祖先是一些古老的“植物－動物”性的類群,稱為古代的植鞭毛蟲。從古代植鞭毛蟲分為幾個不同的根株，每個根株上升到現(xiàn)代原生動物的祖先。這是一種多系統(tǒng)的理論。有人認為從古代植鞭毛蟲演化為肉足蟲。孢子蟲是雙重起源的，一類起源于肉足蟲，一類起源于動鞭毛蟲。纖毛蟲直接起源于鞭毛蟲，只是還說不清楚大、小核的分化和接合生殖的演化。無論哪種觀點都是從現(xiàn)代的原生動物中進行推測，缺乏充分的根據(jù)。經(jīng)典的分類把原生動物門分為 4個綱──鞭毛蟲綱、肉足蟲綱、孢子蟲綱和纖毛蟲綱。隨著發(fā)現(xiàn)種類的增加，新技術（如電子顯微鏡等）的應用，分類學家對原生動物傳統(tǒng)的分類系統(tǒng)進行了修正。比較一致的有：
①鑒于許多鞭毛蟲的生活史中有變形期，許多肉足蟲的生活史中有鞭毛期，有的種類本身就兼有鞭毛和偽足，所以把兩大綱合并為肉鞭動物亞門。②傳統(tǒng)的孢子蟲綱內有些種類的生活史中并不出現(xiàn)孢子，應當分出來。電子顯微鏡觀察發(fā)現(xiàn)某些種類在子孢子或裂殖子時期其頂端有一個復雜的亞顯微結構──由極環(huán)、類椎體、表膜下微管、微孔、棒狀體、微絲組成的頂復體,因而將其獨立為頂復動物亞門,與微孢子蟲亞門、粘體動物亞門、囊孢子蟲亞門并列。③傳統(tǒng)的分類中把盤蜷蟲類放在肉足綱內�，F(xiàn)已證明它的絲網(wǎng)并不是偽足，而是堅硬的、無生命的絲，因而獨立為盤蜷動物亞門。下列的分類系統(tǒng)主要參照原生動物學家協(xié)會分類和進化委員會主席N.D.萊文于1980年與16位分類學家協(xié)商的一個方案。本文把該方案中7個門下降為7個亞門、亞門下降為超綱，在肉足超綱內設有綱、亞綱和總目，原生動物仍作為一個門：
原生動物門(Protozoa)
肉鞭動物亞門(Sarcomastigophora)
鞭毛總綱(Mastigophora)
植鞭毛綱(Phytomastigophorea)
隱滴蟲目(Cryptomonadida)
腰鞭目(Dinoflagellida)
眼蟲目(Euglenida)
金滴蟲目(Chrysomonadida)
異鞭目(Heterochlorida)
綠滴蟲目(Chloromonadida)
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