一般認(rèn)為原生動(dòng)物的祖先是一些古老的“植物－動(dòng)物”性的類群,稱為古代的植鞭毛蟲。從古代植鞭毛蟲分為幾個(gè)不同的根株，每個(gè)根株上升到現(xiàn)代原生動(dòng)物的祖先。這是一種多系統(tǒng)的理論。有人認(rèn)為從古代植鞭毛蟲演化為肉足蟲。孢子蟲是雙重起源的，一類起源于肉足蟲，一類起源于動(dòng)鞭毛蟲。纖毛蟲直接起源于鞭毛蟲，只是還說不清楚大、小核的分化和接合生殖的演化。無論哪種觀點(diǎn)都是從現(xiàn)代的原生動(dòng)物中進(jìn)行推測，缺乏充分的根據(jù)。經(jīng)典的分類把原生動(dòng)物門分為 4個(gè)綱──鞭毛蟲綱、肉足蟲綱、孢子蟲綱和纖毛蟲綱。隨著發(fā)現(xiàn)種類的增加，新技術(shù)（如電子顯微鏡等）的應(yīng)用，分類學(xué)家對原生動(dòng)物傳統(tǒng)的分類系統(tǒng)進(jìn)行了修正。比較一致的有：
�、勹b于許多鞭毛蟲的生活史中有變形期，許多肉足蟲的生活史中有鞭毛期，有的種類本身就兼有鞭毛和偽足，所以把兩大綱合并為肉鞭動(dòng)物亞門。②傳統(tǒng)的孢子蟲綱內(nèi)有些種類的生活史中并不出現(xiàn)孢子，應(yīng)當(dāng)分出來。電子顯微鏡觀察發(fā)現(xiàn)某些種類在子孢子或裂殖子時(shí)期其頂端有一個(gè)復(fù)雜的亞顯微結(jié)構(gòu)──由極環(huán)、類椎體、表膜下微管、微孔、棒狀體、微絲組成的頂復(fù)體,因而將其獨(dú)立為頂復(fù)動(dòng)物亞門,與微孢子蟲亞門、粘體動(dòng)物亞門、囊孢子蟲亞門并列。③傳統(tǒng)的分類中把盤蜷蟲類放在肉足綱內(nèi)。現(xiàn)已證明它的絲網(wǎng)并不是偽足，而是堅(jiān)硬的、無生命的絲，因而獨(dú)立為盤蜷動(dòng)物亞門。下列的分類系統(tǒng)主要參照原生動(dòng)物學(xué)家協(xié)會(huì)分類和進(jìn)化委員會(huì)主席N.D.萊文于1980年與16位分類學(xué)家協(xié)商的一個(gè)方案。本文把該方案中7個(gè)門下降為7個(gè)亞門、亞門下降為超綱，在肉足超綱內(nèi)設(shè)有綱、亞綱和總目，原生動(dòng)物仍作為一個(gè)門：
原生動(dòng)物門(Protozoa)
肉鞭動(dòng)物亞門(Sarcomastigophora)
鞭毛總綱(Mastigophora)
植鞭毛綱(Phytomastigophorea)
隱滴蟲目(Cryptomonadida)
腰鞭目(Dinoflagellida)
眼蟲目(Euglenida)
金滴蟲目(Chrysomonadida)
異鞭目(Heterochlorida)
綠滴蟲目(Chloromonadida)
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