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3.細(xì)胞核：根據(jù)染色質(zhì)的構(gòu)造可把細(xì)胞核分為泡狀核和致密核兩類。泡狀核常見于肉足蟲和鞭毛蟲，致密核常見于纖毛蟲的大核中。在鞭毛蟲、肉足蟲、孢子蟲中，有的種類有很多細(xì)胞核，但都是同型核。許多原生動(dòng)物在營(yíng)養(yǎng)期間，細(xì)胞核的染色體是多倍體，有些則為二倍體或單倍體。纖毛蟲有大、小核之分，小核是二倍體，大核是高度多倍體。大核的大小、形狀、數(shù)量變化很大，在形狀上也各不相同差異很大。大、小核內(nèi)均含脫氧核糖核酸(DNA)。 一般地說小核控制細(xì)胞的遺傳，大核控制細(xì)胞的營(yíng)養(yǎng)，但這不是絕對(duì)的。已知大核在遺傳上能控制表型，說明大核中也有某些控制遺傳的因子。只有大核而沒有小核的品系雖然能分裂和生存，但最后還是會(huì)老化。在接合生殖過程中,大核退化,由小核產(chǎn)生新的大核，這說明大核雖有自主性，但仍要依賴小核。纖毛蟲的核二型性在整個(gè)生物界是獨(dú)特的。鞭毛蟲的細(xì)胞核與毛基體系統(tǒng)有密切關(guān)系。鞭毛的基體有根絲體聯(lián)系到核上�；w與核在數(shù)量上有一定比例。在低等的鞭毛蟲中一般為2∶1，即2個(gè)基體，1個(gè)細(xì)胞核。隨著進(jìn)化而擴(kuò)大比例，在超鞭毛目中已是100～1000∶1了。
4.色素體及其附屬胞器：大部分植物性鞭毛蟲具有與光合作用有關(guān)的色素體和紅色的眼點(diǎn)。眼點(diǎn)由 1至多個(gè)紅色小球構(gòu)成，對(duì)光十分敏感，能引導(dǎo)鞭毛蟲游向陽光處。色素體有4類：葉綠素、胡蘿卜素、葉黃素和藻膽素。由于所含色素體的組成和分量不同，植物性鞭毛蟲在顏色上差異很大，有綠、黃、藍(lán)等。有色鞭毛蟲如長(zhǎng)期處在黑暗而有機(jī)質(zhì)豐富的環(huán)境中，色素體和眼點(diǎn)都退色，不再進(jìn)行光合作用，它們用身體表面的滲透功能吸收營(yíng)養(yǎng)或直接通過胞口吞入食物（如眼蟲）。
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